Da Kirkedepartementet i 1903 utlyste et professorat i systematisk teologi, med formuleringen i utlysningsteksten “det magiske, som maa forkastes, og det mysteriøse, som maa fastholdes” la de grunnlaget for ansettelse av en liberal teolog, noe som også ble tilfellet. Det ble full konflikt mellom de to fløyene. Johannes Ording (1869-1929) ble etter tre år utnevnt til professor i 1906. Bergenseren professor Odland, som var haugianer og også var formann i Indremisjonsselskapet, sa opp sin stilling i protest. Kort tid etter, i 1907, ble den private høyskolen Det Teologiske Menighetsfakultetet opprettet som motsvar fra den konservative fløyen.
Som et nytt tyngdepunkt innledet nå Indremisjonen et program for rekristianisering av den norske befolkningen med omfattende utbygging av bedehus mens Menighetsfakultet ordinerte egne prester. Kampen sto mot rasjonalisert kristendom og nye vitenskaper som Darwinisme og religionshistorie. Den norske vekkelsesbevegelsen ble nå institusjonalisert på siden av statskirken. Den sentrale skikkelsen i kampen var Ole Hallesby (1879-1961) som overtok som leder av indremisjonen etter Odland, og som i stor grad brukte media for å nå ut til befolkningen. Grunnleggelsen av avisen Dagen i 1919 var et ledd i denne bevegelsen. Selv om bevegelsen ikke kan sies å ha nådd sitt mål om rekristianisering så skaptes det merkbare endringer. I mange bygder ble bedehuset en viktig møteplass, og kirkesamfunnet ble mer demokratisiert og desentralisert. Dette fikk også følger for statskirken som i 1920 innførte menighetsråd som besto av presten og lekfolk, noe som gav mer autonomi til lokale forsamlinger.
Striden var også markant i det bergenske debattliv, og striden mellom Ording og Odland hentet ganske sikkert argumenter herfra. Presten Carl Konow (1863-1923), som var en underordnet prest i Sandviken kirke sto på Ordins side, og var en av flere prester som holdt foredrag i Korskirken og Logen mot den dogmatiske og pietistiske linjen. I foredraget “Kristus i Nutiden” talte Konow for å bytte ut det overnaturlige i kristendommen med det etiske. Menigheten klagde, men Konow svarte med å holde to nye foredrag. Han stilte spørsmål ved Jesu oppstandelse og guddommelighet og forestillingen om at man oppnår tilgivelse gjennom Jesus. Prester fra flere bergenske kirker møtte argumentene med egne motforedrag. I 1907 oppfordret et møte av 38 prester Konow å trekke seg og biskopen klaget ham inn for kirkedepartementet av biskopen. Departementet ber Konow tre tilbake fra presteembetet, men Konow nekter og klager saken inn for Stortinget. 2700 underskrifter sendes fra menigheten i Sandviken til departementet til støtte for Konow, som av sine nærmeste overordnede i Sandviken kirke nå hadde blitt løst fra å utføre en rekke rituelle oppgaver. Til slutt får Konow vende tilbake i normal stilling.