Hansen ble etter fullført medisinutdannelse ansatt ved Pleiestiftelsen/Lungegårdshostpitalet,¹ og ble etter hvert både en anerkjent lepraforsker og leprabasillens oppdager.

Hansen næret dessuten en interesse for naturhistorie generelt og Darwins utviklingslære spesielt. I 1880 ble han fradømt sin stilling som lege ved Pleiestiftelsen, etter å ha podet en allerede leprasyk pasient med andre leprabasiller. Han beholdt sin stilling som overlege for spedalsket, og arbeidet etter dette fra Bergen museum. I en periode var han styremedlem ved museet, senere også preses.

Hansen var en ivrig bidragsyter i tidsskriftet Naturen, og ble kjent som en ypperlig formidler.

Hansens første kone, Stephanie Marie (“Fanny”) Danielssen,² var datter av Daniel Cornelius Danielssen. Hun døde imidlertid av tuberkulose allerede måneder etter bryllupet.

Hansen var en ivrig pådriver for å få på plass en biolgogisk stasjon, og stasjonens første spesialbygde forskningsfartøy fikk navnet Armauer Hansen. ³